Deus Ex: Mankind Divided è ambientato dopo l'Incidente, il giorno in cui i potenziati di tutto il mondo hanno perso il controllo causando la morte di milioni di innocenti. Nell'anno 2029, l'epoca d'oro dei potenziamenti è finita e gli umani provvisti di innesti meccanici sono stati esclusi e segregati dal resto della società. Dietro a un'ondata di crimini e attacchi terroristici si nasconde un'oscura cospirazione che mira a controllare il futuro dell'umanità...